A maneira mais fácil para dividir, unir ou editar arquivos PDF no Ubuntu é usar o PDFtk. Ele é um programa muito simples e poderoso, via linha de comando, que pode ser instalado no Ubuntu ou qualquer distribuição Linux facilmente.

Para instalá-lo no Ubuntu ou derivações Debian: sudo apt-get install pdftk

Se estiver em alguma distro derivada RedHat: sudo yum install pdftk

Alguns recursos

I – Dividir um arquivo PDF em páginas individuais

pdftk largepdfile.pdf burst

Como resultado, você terá diversos PDF’s individuais sendo criados tais como: pg_0001.pdf, pg_0002.pdf, assim por diante.

II – Unir dois ou mais arquivos PDF

pdftk 1.pdf 2.pdf 3.pdf cat output 123.pdf

OU
pdftk A=1.pdf B=2.pdf cat A B output 12.pdf
OU
pdftk *.pdf cat output combined.pdf

Como resultado, você terá um único arquivo PDF.

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III – Para mais recursos

Acesse: http://www.pdflabs.com/docs/pdftk-cli-examples/